0
Hem
Om projektet
Deltagare
Publikationer
Lšnkar
 

Genetiken bakom tillväxt och resistens

Projektmedlemmar: Doc. Ann-Christin Rönnberg-Wästljung

Anknytna till projektet: Doc. Sofia Berlin Kolm (SAMBA1&2), Dr. Henrik Hallingbäck (SAMBA2), Dr. Per Sjödin (SAMBA2), Dr. Margareta Aili (SAMBA1), Dr. Luisa Ghelardini (SAMBA1), Ingrid Eriksson (SAMBA1), Yvonne Tillman (SAMBA1)

För att studera den genetiska bakgrunden hos egenskaper använder vi oss av olika tillvägagångssätt. Vi har utvecklat fyra karteringspopulationer med många hundra individer baserat på korsningar inom art (Salix viminalis) och mellan två arter (S. viminalis x S. schwerinii och S. purpurea x S. viminalis). För dessa populationer har vi konstruerat genkartor som vi använder i s.k. QTL-analyser där vi kopplar en egenskaps variation till den genetiska variationen och genkartorna. Vi kan på så sätt identifiera områden i Salix arvsmassa där vi med hög sannolikhet har gener som styr egenskaperna. Vi har dessutom, tillsammans med forskare på Rothamsted Research i England och på Lantmännen SW Seed AB, tagit fram en s.k. associationskarteringspopulation där befintligt klonmaterial och nya insamlingar av obesläktade individer av S. viminalis ingår. Populationen används i genomtäckande associationsstudier (genome-wide association studies, GWAS) där vi kopplar egenskapernas variation med genetisk variation i kandidatgener. För att ta fram genetiska data har vi har använt en speciell sekvenseringsteknik (GBS) och identifierat ca 20 000 markörer, dessutom har vi markörer i kandidatgener som är identifierade i tidigare studier och från litteraturen. Vi studerar tillväxtegenskaper, årstidsbundna egenskaper som knoppsprickning och tillväxtavslutning, resursallokering m.a.p. vatten och näring samt resistens. Den fenotypiska variationen studeras i olika typer av experiment i laboratorium, i växthus och i fältförsök.

measurements

Eftersom Salix och Populus är nära släkt har vi kunnat använda oss av DNA-sekvensinformation om poppelns arvsmassa för att utveckla s.k. SNP-markörer för genkartorna. Vi har placerat markörer jämt spridda över alla kromosomer i arvsmassan och dessutom lagt markörer i kandidatgener för resistens och torktålighet. I områden av arvsmassan, som vi med QTL-analyser har identifierat som viktiga för en egenskaps variation, har vi gjort kartorna tätare med många nya SNP-markörer. De nya markörerna gör att vi lättare kan leta kandidatgener i poppelns sekvenserade arvsmassa eller i sekvensinformation som vi själva har från S. viminalis (se nedan). För att verifiera att vi hittat rätt kandidatgener utförs mer ingående studier på genernas uttryck.

Vi har med olika tekniker sekvenserat hela arvsmassan hos en S. viminalis-individ samt även olika transkriptom och arbetar nu med att sätta ihop all sekvensdata. Informationen från den sekvenserade Salix-arvsmassan och från transkriptomen blir värdefulla redskap för att hitta kandidatgener för de olika egenskaperna.

 

Mätningar av tillväxtavslutning i ett fytotronförsök.

Ladda ner (utskriftsformat): pdf Genetisk bakgrund

 

Uppdaterad 2017-01-23 |Berit Samils

s